Temporada 3

Un imperio mágico aparece de pronto en el Norte Ártico de Equestria al mando de la princesa Cadence y Shining Armor (luego de su boda), y las princesas Celestia y Luna necesitan encontrar a Twilight y a sus amigas para buscar un modo de protegerlo sobre una peligrosa amenaza, que surgirá un malvado unicornio oscuro llamado el Rey Sombra, quién fue el amo del Imperio de Cristal anteriormente.

Mientras sus amigas intentan mantener ocupados a los Ponis de Cristal en la Feria de Cristal, Twilight y Spike buscan el Corazón de Cristal autentico escondido (luego que el otro era falso), que es la clave para mantener al imperio a salvo del peligro, antes de que el Rey Sombra resurga. Pero al encontrar el Corazón de Cristal, Spike es el que lo llevará a la princesa Cadence, el Rey Sombra es derrotado, y nombran a Spike como el héroe del Imperio de Cristal. Lo cuál, Twilight hizo al tener su mejor aprobación.

Cuando Pinkie Pie no puede elegir entre las actividades divertidas con sus amigas, decide usar la magia para hacer más versiones de ella. Pero sus clones pronto hacen imposible que Pinkie Pie esté con sus amigas, además cuando causan catástrofes. Reporte de la Amistad: (entregado a Celestia en persona): Pinkie Pie aprendió que tener amigos es bueno, pero también es bueno elegir con quién estar pasando el tiempo, los amigos le darán la oportunidad de estar con ellos algún otro tiempo más.

La prima de Apple Bloom, Babs Seed, vendrá de visita, y las Cutie Mark Crusaders están ansiosas por que se una al club. Pero sus esperanzas de tener a un nuevo miembro desaparecen cuando descubren que sólo busca molestarlas.

Twilight se ve obligada a irse de Ponyville cuando pierde un duelo mágico ante la gran y poderosa Trixie. Debe buscar un modo de ganarle a Trixie para poder regresar a casa, pero puede que su magia no sea suficiente.

Los aterradores cuentos de Rainbow Dash le causan pesadillas a Scootaloo y tiene miedo de dormir, pero si Scootaloo quiere que las pesadillas desaparezcan, tendrá que enfrentar su mayor temor; que su ídolo descubra que es una poni temerosa. Pero con la ayuda de la Princesa Luna, lo hará.

El sueño de Rainbow Dash se hace realidad cuando la invitan a asistir a la Academia Wonderbolt, pero cuando hace pareja con una pegaso que parece llevar la ventaja por ser imprudente, Rainbow Dash se pregunta si realmente servirá como Wonderbolt, pero, ¿podrá decidirlo?

La familia Apple tiene una reunión familiar y la abuela Smith deja a Applejack a cargo de las labores de organización. Applejack quiere que sea la reunión más memorable de la historia, pero podría terminar siéndolo por las razones equivocadas.

Cuando Applejack le salva la vida a Spike, este dice que tiene una deuda con ella de por vida y que estará a su servicio para siempre. Applejack acude a las demás ponis para que le ayuden a encontrar la forma de convencer a Spike de que no le debe nada.

La princesa Celestia da la orden a las Mane Six de liberar a Discord (después de derrotarlo en la 2da temporada) e intentar reformarlo. Fluttershy es la única poni dispuesta a ayudar a Discord. Él muestra señales de progreso, ¿pero realmente se está convirtiendo en alguien mejor, o solo se está aprovechando de la amabilidad de Fluttershy para conservar su libertad?

Cuando Fluttershy le pide a Spike que cuide a Angel a cambio de una gema, Spike accede con gusto a cuidar de su mascota, pero pronto se encuentra agobiado tras convencer a todas sus otras amigas de dejarlo a cargo de sus mascotas también; Tanque, Opal, Gummy, Winona y Owlowiscious. Pero, ¿se ocupará de ellos o solo le importa las gemas?

El Imperio de Cristal compite para ser la sede de los Juegos de Equestria y la Princesa Cadence les pide a Twilight y sus amigas que reciban a la inspectora de los juegos, pero esta llega antes y todas tienen que esforzarse por entretenerla. Pero al final descubren que al recibirla, no era quién parecía ser.

Por error, Twilight lanza un hechizo que cambia las Cutie Marks de todas sus amigas. Ahora debe encontrar la forma de revertir el hechizo. Durante el proceso se revela también el propio destino de Twilight, cuando la princesa Celestia vio todos sus retos en el pasado, al ver que está lista y se convierte en una princesa alicornio. Reporte de la Amistad: Twilight aprendió que la marca del destino de alguien sólo a ese alguien corresponde.