Los Juegos de Equestria se acercan y las Cutie Mark Crusaders quieren ser las ponis que llevaran la bandera de Ponyville, pero las burlas de Diamond Tiara, harán que Scootaloo comience a dudar de si misma y de sus amigas.
Rainbow Dash está entusiasmada con el lanzamiento de un libro nuevo de Daring Do, pero cuando descubren que la Autora: A.K Yearling anuncia que lo debe aplazar, Rainbow Dash y las demás van a ayudarle, pero descubrirán un secreto de que la Autora es Daring Do, que las encamina a una misión inesperada.
Luego de regresar los Elementos de la Armonía al Árbol de la Armonía, las Ponis van a explorar el oscuro y abandonado castillo donde las Princesas Celestia y Luna vivían hace muchos años (cada una por diferentes razones), Rainbow Dash y Applejack compiten para ver quien es "La Poni Mas Valiente" , Rarity y Fluttershy (con su conejito Ángel) van a recoger los tapices del castillo para restaurarlos y Twilight va a indagar con Spike, la gran biblioteca del castillo para ver si encuentra un libro que le ayude a saber más acerca del misterioso cofre del Árbol de la Armonía, pero también dicen que existe una "Poni de las Sombras", ¿será cierto o falso?
Twilight debe regresar en el tiempo hasta el origen de los Elementos de la Armonía pues busca un modo de rescatar a las princesas perdidas y poner el Bosque Everfree en orden antes de que se apodere de Ponyville e inclusive de toda Equestria, cuando descubren que el Árbol de la Armonía es la respuesta y donde obtuvieron los elementos. Al final, descubren que Discord fue quién inicio está catástrofe, ya que le dirán que haga todo lo posible para ayudarlas cuando sea necesario.
Twilight aún está acostumbrándose a sus alas y a su nuevo título de ser princesa, mientras se prepara para la celebración en Canterlot de La salida del Sol de Verano (Aquí ya se esta Cumpliendo un Año de que Nightmare Moon fue destruida y la Princesa Luna Regreso), pero lo cuál habrá un problema - las Princesas Celestia y Luna han desaparecido luego de aparecer unas extrañas plantas negras que arrasan con toda Equestria, y deberán investigar, si Discord está detrás de todo al decir que está reformado.
